近年来，在国家林业局的大力支持和省、市各级政府的高度重视下，深圳自然保护区的保护、管理和建设工作逐步走上了规范化、法制化、科学化的管理路子，基本杜绝了在保护区内猎取野生动植物资源的现象，没有发生过破坏生态环境的事件，物种及其生态环境保护取得了显著成效。
目前，近年来深圳自然保护区加大了海上管理力度和野外巡护管理力度，对保护区区域内的非法捕捞海产品现象进行严厉打击，保障了鸟类的食源。同时，人工营造林增加了鸟类的栖息环境，保护区内的鸟类种类和数量保持稳定。目前，福田红树林鸟类数量稳定、珍稀鸟类数量增多。据观测，区域内珍稀濒危鸟的数量明显增加，2005年底至2006年春，世界濒危的黑脸琵鹭的数量创下在深圳湾的新高，达到320多只，占世界总数的21％以上。
内伶仃岛也出现可喜局面。目前，岛上的天然植被生长良好，植被覆盖率维持在90％以上，大大提高了环境的水容量，成为常年有溪流存在的岛屿。经测量：在枯水期，岛上地表水径流每天1501吨，地下水每天194吨。由于岛上的淡水水源保护得很好，两栖爬行类生物没有受到任何人为或自然的不利影响，种群稳定发展。同时，内伶仃岛野生动物数量显著增加，研究表明岛上的猕猴每年以8.8％的速度增长，目前可能超过了1000只，在部分地区出现了猕猴过度啃吃喜吃植物的情况。穿山甲的数量也明显增加，在山上比较容易见到穿山甲的洞穴，见到蟒蛇的频次也明显增加。内伶仃岛的鸟类约有50％为候鸟，由于岛上生态状况日益优化，数量明显增加，特别是冬候鸟的种群数量增加明显。
针对薇甘菊严重灾害岛上生态环境这一现实，近年来，经过自然保护区的全力科技攻关，找到了有效防治薇甘菊的科学方法，并在伶仃岛较大面积的应用试验，效果显著。特别是在试验区，伶仃岛薇甘菊的危害最严重的120公顷区域基本得到了控制，对薇甘菊危害的控制效果明显，取得了显著的生态效益。其他区域也正在进行治理之中。
据了解，“十一五”期间，深圳将继续建设、完善现有自然保护区基础设施，加快自然保护区建设步伐，加大野生动植物保护力度。对生物多样性丰富、珍稀野生动植物集中分布地区、生态系统典型地区和重要湿地，规划筹建新的自然保护区。新建东部红树林自然保护区、铁岗水库石岩水库湿地自然保护区等4个市级自然保护区，使全市自然保护区总数达5个。（编辑 黎明）
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